在東部幹線南下對號列車的部分,下午15時後將有多班列車縮短行駛區間。其中,426次及5242次對號列車僅行駛樹林至花蓮,花蓮至台東間停駛;324次列車在花蓮至光復間停駛,而光復至台南區間則維持正常行駛;428次、432次、434次及438次列車同樣僅行駛樹林至花蓮,花蓮至光復間停駛,並自光復站起恢復正常行駛至新左營或台東。另外,442次、436次及448次列車在花蓮至瑞穗間停駛,樹林至花蓮及瑞穗至台東區間仍照常運作。至於跨半夜行駛的452次對號列車,則採取樹林經台東至新左營全區間停駛的應變措施。
北上對號列車同樣在下午15時後面臨大範圍調整。477次、431次、427次、439次及445次列車,僅維持台東或新左營行駛至光復,光復至花蓮間停駛,並自花蓮站起恢復正常行駛至樹林。21次列車則僅行駛台東至瑞穗,瑞穗至樹林間停駛,原搭乘旅客需在花蓮站改乘439次列車;441次及447次列車同樣在瑞穗至花蓮間停駛,其餘區間照常運作。323次對號列車則僅行駛新左營至光復,光復至花蓮間不予行駛。在非對號車(區間車)部分,下午15時後僅維持花蓮至鳳林以及光復至台東的區間正常行駛,鳳林至光復路段則雙向停駛。
雖然東部幹線局部受阻,但南迴線與各支線對號、非對號列車目前均維持正常行駛。觀光列車除了1次列車僅行駛至台東站止,其餘班次也維持照常運作。為了緩解花東旅客的疏運需求,台鐵已開放東線及南迴線EMU3000型新自強號購買無座票(站票)。台鐵目前預計將於今日晚間18時,視最新的堰塞湖水情影響狀況,再度發布最新的列車運行資訊。
針對受此事件影響行程的旅客,台鐵也公布了寬鬆的退換票方案。凡是乘車日期在7月16日至17日間,車票起訖站位於花蓮至台東沿線各站區間的旅客,只要在7月16日(含)以後申請退票,均可在一年內至各車站辦理全額退票且免收手續費。透過網路或APP購票的旅客,退票手續費將由台鐵系統統一退還至原刷卡帳戶,與花東區間關聯的聯程車票亦可一併辦理全額退費。旅客出門前可透過台鐵官方網站或撥打24小時服務專線(02-21910096、免付費0800-765888)查詢最新列車行駛狀態。